До заповедания на территории до 1922 года были 2 стационарные деревни и немногочисленные летние кочёвки скотоводов-башкир, оставившие следы хуторов, на 414 га лесных полян практиковалось сенокошение. На всей территории развивалось бортничество. В 18 веке проводилась выборочная заготовка леса для снабжения древесным углём В
ознесенского медеплавильного завода (д. Иргизлы). Практиковались охота населения прилежащих деревень на глухаря, норку, куницу, бобра, рысь, косулю, волка, лося, медведя. Как правило, оружие использовалось незарегистрированное, охота не регламентировалась. Велась рыбная ловля всех видов рыбы, включая редкие реофильные виды. Земледелие на данной территории не развивалось. Поводом для создания заповедника в 1958 году было обитание на его территории бурзянской бортевой пчелы - ценного генофонда мирового пчеловодства. В 1948 году был выбран участок под заповедник, но наступило время реорганизации заповедников. В 1951 году был закрыт Башкирский заповедник. В 1957 году Башкирский заповедник был восстановлен, а в октябре 1958 году учрежден его Прибельский филиал, ставший в 1986 году самостоятельным заповедником «Шульган-Таш».
В 1959 г. зоолог заповедника А. В. Рюмин открыл в пещере Шульган-Таш (Каповой) наскальные рисунки эпохи палеолита. Рисунки выполнены в основном охрой - природным железосодержащим пигментом на основе животного жира, есть редкие изображения углем. Ученые определили их возраст в 14-17 тыс. лет, открытие получило всемирную известность.
Научно-практические мероприятия всегда акцентировались на сохранении бурзянской бортевой пчелы и исследованиях Каповой пещеры. С 1995 года началось активное развитие музейно-экскурсионного комплекса в квартале 51вблизи пещеры Шульган-Таш.
